مهندسی شیمی گرایش بیوتکنولوژی (زيست فناوري) كاربرد علوم مختلف در استفاده مستقيم يا غيرمستقيم از موجودات زنده، قسمتي از بدن و يا فرآوردههاي آنها در اشكال طبيعي يا تغييريافته است می باشد. اساس درسهای تخصصي اين رشته بر پايه علوم زيستي است. اين گرايش در ايران به تازگي وارد شده است و نسبت به گرايش هاي قدرتمند مانند طراحي فرآيند مورد حمايت قرار نگرفته است. براي دانشجوياني كه قصد ادامه تحصيل در خارج از كشور را دارند اين گرايش بهترين و اولين انتخاب است.
بهطور كلی هر گونه فعاليت هوشمندانه بشر در خلق، بهبود و عرضه محصولات گوناگون با استفاده از موجودات زنده مخصوصاً از طريق دستكاري ژنتيكی آنها در سطح مولكولی، در حوزه بيوتكنولوژی قرار میگيرد.
از کاربردهای این گرایش به موارد زیر می توان اشاره نمود:
-تولید فرآورده های غذایی
-تولید آنزیم های گوناگون با کاربرد در صنایع غذایی و دارویی
-تولید انرژی
-تولید فرآورده های ویژه دارویی ( آنتی بیوتیک ها و پروتئین ها) که از روش های عادی امکان تولید آنها میسر نیست.
-تصفیه بیولوژیکی آب های آلوده و پسابها
-استخراج فلزات و مواد کانی ارزشمند و…